Бірыңғай жүйенің бірнеше əртүрлі бөліктерге жіктелуі. Дифференциация жүйенің əртүрлі қызметтерінің көбеюі мен күшеюіне байланысты. Бірыңғай жүйенің атқаратын қызметі күрделі жіктелген жүйенің əртүрлі бөліктерінің арасында бөліну нəтижесінде жалпы жүйенің жұмысы артады. Дифференциацияны бірнеше аспектіде қарайды. Филогенетикалық дифференциация – бір таксонның екіге немесе бірнешеге жіктелуі (мысалы, бейімделгіш радиация, түрдің пайда болуы). Морфофизиологиялық дифференциация – əртүрлі қызмет атқаратын, əртүрлі құрылымды организмнің эволюция процесінде дамуы. Мұндай дифференциацияның жүйелі кезеңдері биологиялық құрылымның негізгі деңгейіне сай келеді. Бұл дифференциация –морфофизиологиялық прогрестің бір белгісі.