(грек. рhylon – түр, туыс және genesis – шығу тегі) – организмдер топтарының тарихи тұрғыдан қалыптасуы; организмнің тарихи дамуы немесе органикалық дүниенің әртүрлі тип, класс, отряд, туыс және түрлердің эволюциясы. Жекедара даму – онтогенез бен тарихи даму – филогенез тірі табиғаттың біртұтас дамуының ажырамас қырлары болып саналады және бір-біріне өзара әсер етеді.

Филогения – организмнің тарихи дамуы. Филогенез терминін 1866 ж. неміс биологі Э. Геккель (1834–1919) ұсынады. Филогенез процесін және оның заңдылықтарын филогенетика зерттейді.

Филогенездік зерттеулердің мақсаты – жануарлардың, өсімдіктердің, микроорганизмдердің эволюциялық өзгерістері негізінде олардың тегін және организмдер арасындағы туыстық байланыстарды анықтау. Ағылшын эволюцияшысы В. Гарстанг филогенезді ұрпақтан-ұрпақка өтетін онтогенез деген пікір ашты. Бұл пікірді орыс биологі И. И. Шмальгаузен (18841963) дамытып, филогенезді онтогенездің белгілі қатары деп атады.