(грек, phybn — түр, туыс және genesis — шығу тегі) — организмдер топтарының тарихи тұрғыдан қалыптасуы; организмнің тарихи дамуы немесе органикалық дүниенің, әртүрлі тип, класс, отряд, туыс және түрлердің эволюциясы. Жеке-дара даму — онтогенез бен тарихи даму — филогенез тірі табиғаттың біртұтас дамуының ажырамас қырлары болып саналады және бір-біріне өзара әсер етеді. Филогения — организмнің тарихи дамуы. Филогенез терминін 1866 ж. неміс биологі Э. Геккель (1834 — 1919) ұсынады. Филогенез процесін және оның заңдылықтарын филогенетика зерттейді. Филогенездік зерттеулердің мақсаты — жануарлардың, өсімдіктердің, микроорганизмдердің эволюциялық өзгерістері негізінде олардың тегін және организмдер арасындағы туыстық байланыстарды анықтау. Ағылшын эволюцияшысы В. Гарстанг филогенезді ұрпақтан-ұрпаққа өтетін онтогенез деген пікір айтты. Бұл пікірді орыс биологі И. И. Шмальгаузен (1884-1963) дамытып, филогенезді онтогенездің белгілі қатары деп атады.